En esta declaración se delimita un entorno de protección en superficie a partir del acceso actual, para controlar las actividades que pudieran realizarse y afectar a la integridad de la cueva.

En la gruta se reconoce la existencia de un yacimiento arqueológico adscrito a los primeros momentos de la Edad del Bronce y el inicio de la metalurgia en la zona, que la investigación arqueológica describe como una necrópolis de inhumación colectiva a la que se asocia un extenso conjunto de arte rupestre, encuadrable en los desarrollos generales del arte esquemático, pero con una personalidad propia que le distingue de otras concepciones plásticas diferentes, aunque próximas en el tiempo y en el espacio, como son las pinturas esquemáticas del barranco del río Duratón.

El yacimiento arqueológico de la Cueva de los Enebralejos corresponde a una necrópolis de inhumación colectiva calcolítica, cuyo inicio habría que situar en un momento relativamente antiguo de ese periodo, en la que pueden distinguirse tres momentos, al menos, de utilización, mediante el estudio de las piezas arqueológicas asociadas a ella y las superposiciones y diferencias técnicas de las grafías rupestres que existen en sus paredes, en su mayoría reiterados motivos geométricos junto a figuras antropomorfas típicas del periodo esquemático.

Como ocurre en otros yacimientos de tipo similar, la cueva sepulcral estuvo asociada durante su etapa de utilización a un poblado en superficie, localizado en la misma loma en la que se abre la boca actual de la cueva y conocido sólo por la documentación de excavaciones antiguas, sin que en la actualidad se disponga de datos objetivos sobre la conservación de posibles estructuras pertenecientes a él.